其杀菌原理是：酸性氧化电位水的低PH值（2.7以下）与高ORP（＋1100mv以上），超出了各种病原微生物的生存范围，并使其细胞的膜电位发生改变，以导致细胞膜通透性增强及细胞代谢酶的破坏，微生物迅速死亡。同时，酸性氧化电位水中含有的30ppm-80ppm的有效氯能更有效地杀灭病原微生物。
酸性氧化电位水自研制成功以来，应用范围日益扩大，其显著的杀菌效果也越来越被证实。酸性氧化电位水杀菌谱广，其应用极为广泛，不仅仅局限于消毒领域，而且扩展到医学临床治疗等多方面.日本多所医院临床使用证明，效果十分显著；在国内，酸性氧化电位水既是一种新型消毒产品，也是一种全新消毒概念，其潜在应用领域极其广阔。
